BoBoiBoy datang ke Pulau Rintis saat liburan sekolah untuk membantu kakeknya, Tok Aba. Di sana, dia bertemu dengan teman baru yaitu Yaya, Gopal dan Ying. Pada waktu yang sama, datangnya Adu Du dan kawan-kawannya Probe dan Komputer asisten Adu Du dari planet Ata Ta Tiga ke bumi untuk mencuri cokelat khusus Tok Aba yang tersedia sebagai sumber energi yang paling kuat di planet Ata Ta Tiga. Setelah mengejar pencuri cokelat itu, BoBoiBoy berkawan dengan robot ciptaan Adu Du yang melarikan diri, yaitu Ochobot yang memberinya kekuatan elemen bumi: angin, tanah dan petir. Serta kemampuan terpecah menjadi tiga orang dirinya yang masing-masing memiliki kekuatan satu elemen bumi tersebut.
Dalam pertarungan antara BoBoiBoy dan Adu Du sepanjang libur sekolah, teman BoBoiBoy turut terlibat, maka Ochobot memberi Yaya kemampuan manipulasi gravitasi, Ying kemampuan manipulasi waktu, dan Gopal kemampuan manipulasi molekul. Demi menyaingi peningkatan kinerja BoBoiBoy dan teman-temannya serta menyelesaikan misi mencuri coklat, Adu Du bersiap dengan bermacam-macam rencana untuk meningkatkan kekuatan dan pengaruhnya di Bumi, termasuk memeras robot suruhan, Multi-Monster dan menculik teman BoBoiBoy demi kekuasaan mereka, tetapi semuanya gagal. Multi-Monster malah membantu BoBoiBoy dengan menggunakan kekuatan yang dimiliki Gopal untuk mengubah benda dengan pemicu rasa takutnya terhadap Multi-Monster, Gopal pun merusak kapal angkasa Adu Du dengan mengubahnya jadi makanan dan mereka pun melarikan diri.
Adu Du mengambil keuntungan dari kelemahan terbesar BoBoiBoy ketika terpecah menjadi tiga, yaitu daya ingat cepat terpengaruh jika terpecah terlalu lama, dan menculik BoBoiBoy Petir untuk disiksa. Siksaan yang diberikan bukan sesuatu yang direncanakan, sebelumnya ia telah mencuri Buku Rahasia Tok Aba, yang ternyata hanya buku hutang yang penuh dengan hutang Gopal di kedai Tok Aba, dan ruang siksaan yang dimiliki Adu Du malah dimodifikasi oleh Probe dan Komputer menjadi ruang perayaan pesta yang penuh dengan balon-balon, tetapi BoBoiBoy takut akan suara letusan balon
Ini membuat BoBoiBoy Petir tidak terkendali kemarahannya sehingga meningkatkan kekuatannya menjadi BoBoiBoy Halilintar. Namun Probe membohongi BoBoiBoy Halilintar adalah temannya dan namanya adalah Ada Da. Ia pun menyerang BoBoiBoy Angin dan Tanah, akhirnya ia bisa ditenangkan dan mudah diterima sebagai kekuatan baru BoBoiBoy.
Ketika keadaan memainkan permainan video Papa Zola bersama Gopal, Adu Du menyalahgunakan permainan itu dan memasukkan mereka berdua dalam alam permainan demi mengalahkan mereka dengan mudah. Rancangan Adu Du itu sekali lagi digagalkan dengan bantuan Tok Aba, Yaya dan Ying, dan Ochobot. BoBoiBoy dan Gopal selamat keluar bersama wira permainan tersebut, Papa Zola, bersama musuh ketatnya Raksasa Tidur yang bersekongkol dengan Adu Du untuk menjebak BoBoiBoy, Papa Zola dan kawan-kawan dalam alam mimpi. Jadi, mereka semua bertarung dalam permainan dam dalam alam mimpi Raksasa Tidur sampai berhasil demi kelangsungan hidup.
Dalam cobaan berikutnya untuk menyingkirkan saingan BoBoiBoy dan kawan-kawan, Adu Du menyamarkan cairan pengacau emosi dalam bentuk susu kambing sebagai umpan untuk BoBoiBoy yang diminta tolong membuat biskuit bersama Yaya. Ketika itu, BoBoiBoy terpecah lagi dan BoBoiBoy Angin diberikan tanggung jawab tersebut, dan dialah yang memasukkan susu tipuan itu dalam biskuit Yaya. Ketika BoBoiBoy Angin menguji biskuit Yaya, ia jadi gila dan menyebarkan biskuit-biskuit ke masyarakat. Dan kekuasaannya meningkat lagi maka BoBoiBoy Angin berubah menjadi BoBoiBoy Topan. Untungnya BoBoiBoy Topan ditenangkan oleh BoBoiBoy Halilintar dan kebijaksanaan Ochobot yang mengobati kegilaannya dengan episode terakhir film Sekantung Mawar Merah yang ditonton Probe sebelumnya. Akhir episode ini menunjukkan Azroy yang bertemu kembali dengan kucing peliharaanya, Sasha.
BoBoiBoy Tanah yang belum mendapat kekuatan baru sedih dan mencoba berbagai judul namun tetap gagal. Tok Aba pun menghentikan perbuatan BoBoiBoy agar mencegahnya dari lupa. Waktu hampir tiba untuk BoBoiBoy pulang ke tempat asalnya, tetapi Adu Du tidak mudah kalah dan berurusan dengan seorang penjual senjata ilegal bernama Bago Go sebagai langkah terdesak untuk mengalahkan BoBoiBoy. Akan tetapi, transaksi tidak berjalan dengan lancar sehingga Probe menggadai kapal angkasanya untuk pihak Adu Du demi membeli sendok listrik yang bisa menggantikan fungsi pemasak nasi biasa. Namun, ternyata mereka mendapat hadiah, yaitu sebuah robot penghancur bernama Mukalakus yang diberdayakan dengan energi coklat, yang tidak ada di Planet Ata Ta Tiga. Dalam pertarungan terakhir dengan Adu Du, seluruh geng BoBoiBoy nyaris kalah di tangan robot yang serba perkasa ini, tetapi BoBoiBoy Tanah sempat meningkatkan kekuatan dalam kondisi tertekan menjadi BoBoiBoy Gempa, lengkap dengan raksasa tanah kontrolnya yang cukup sebanding untuk mengecundangkan ancaman terbesar yang pernah dihadapi mereka selama ini.
Pada akhirnya BoBoiBoy dan kawan-kawan berhasil mengalahkan Adu Du, Probe serta Robot Mukalakus. Adu Du dan Probe akhirnya tinggal di markas bawah tanah, yang disebut Markas Kotak, karena pesawat angkasa mereka telah digadai, sedangkan BoBoiBoy kembali ke tempat tinggalnya.
BoBoiBoy came to Rintis Island during the school holidays to help his grandfather, Tok Aba. There, he meets new friends, namely Yaya, Gopal and Ying. At the same time, the arrival of Adu Du and his friends Probe and Computer assistant Adu Du from the planet Ata Ta Tiga to earth to steal Tok Aba’s special chocolate which is available as the most powerful energy source on the planet Ata Ta Tiga. After chasing the chocolate thief, BoBoiBoy befriends Adu Du’s runaway robot, Ochobot, who gives him the powers of the earth elements: wind, earth and lightning. As well as the ability to split into three people, each of whom has the power of one earth element.
In the fight between BoBoiBoy and Adu Du during school holidays, BoBoiBoy’s friends get involved, so Ochobot gives Yaya the ability to manipulate gravity, Ying the ability to manipulate time, and Gopal the ability to manipulate molecules. In order to keep up with the increased performance of BoBoiBoy and his friends and complete the mission of stealing chocolate, Adu Du prepares with various plans to increase his power and influence on Earth, including blackmailing messenger robots, Multi-Monsters and kidnapping BoBoiBoy’s friends for their power, but all fail. . Multi-Monster instead helps BoBoiBoy by using Gopal’s power to change objects by triggering his fear of Multi-Monsters, Gopal destroys Adu Du’s spaceship by turning it into food and they run away.
Adu Du takes advantage of BoBoiBoy’s biggest weakness when it splits into three, namely his memory is quickly affected if it’s split for too long, and kidnaps Lightning BoBoiBoy to torture. The torture given was not something that was planned, previously he had stolen Tok Aba’s Secret Book, which turned out to be just a debt book full of Gopal’s debts at Tok Aba’s shop, and Adu Du’s torture room was even modified by Probe and Computer into a party celebration room that full of balloons, but BoBoiBoy is afraid of the sound of popping balloons
This makes Lightning BoBoiBoy uncontrollable anger thus increasing his strength to become Lightning BoBoiBoy. But Probe lied to BoBoiBoy Halilintar is his friend and his name is Ada Da. He also attacks BoBoiBoy Wind and Earth, finally he can be calmed and easily accepted as BoBoiBoy’s new strength.
When circumstances play the video game Papa Zola with Gopal, Adu Du abuses the game and puts them both in the game world in order to defeat them easily. Adu Du’s plot is again thwarted with the help of Tok Aba, Yaya and Ying, and Ochobot. BoBoiBoy and Gopal survived with the game’s hero, Papa Zola, along with his fierce enemy the Sleeping Giant who conspired with Adu Du to trap BoBoiBoy, Papa Zola and friends in dreamland. So they all fought a game of checkers in the Sleeping Giant’s dreamland until they succeeded for survival.
In the next attempt to get rid of rival BoBoiBoy and his friends, Adu Du disguises an emotional disturbance in the form of goat’s milk as bait for BoBoiBoy who is asked to help make biscuits with Yaya. At that time, BoBoiBoy was divided again and BoBoiBoy Angin was given the responsibility, and it was he who put the fake milk in Yaya’s biscuit. When BoBoiBoy Angin tested Yaya’s biscuits, he went crazy and spread the biscuits to the public. And his power increased again then BoBoiBoy Wind turned into BoBoiBoy Typhoon. Fortunately, BoBoiBoy Typhoon was calmed by BoBoiBoy Halilintar and the wisdom of Ochobot who treated his madness with the last episode of the film Sekantung Mawar Merah that Probe watched before. The end of this episode shows Azroy reuniting with his pet cat, Sasha.
BoBoiBoy Land that has not got a new power is sad and tries various titles but still fails. Tok Aba also stopped BoBoiBoy’s actions to prevent him from forgetting. The time is almost here for BoBoiBoy to return to his hometown, but Adu Du is not easily defeated and deals with an illegal arms dealer named Bago Go as an urgent step to defeat BoBoiBoy. However, the transaction did not go smoothly so Probe pawned his spaceship for Adu Du’s side to buy an electric spoon that could replace the function of a regular rice cooker. However, it turns out that they got a gift, which is a destructive robot named Mukalakus that is empowered with brown energy, which does not exist on Planet Ata Ta Tiga. In the final battle with Adu Du, the entire BoBoiBoy gang almost lost at the hands of this all-powerful robot, but BoBoiBoy Tanah had time to increase his strength under pressure to become BoBoiBoy Earthquake, complete with earth giants whose controls were comparable enough to defeat the greatest threat they had ever faced in their life. this.
Eventually BoBoiBoy and his friends managed to defeat Adu Du, Probe and Robot Mukalakus. Adu Du and Probe end up living in an underground base, called Box Headquarters, because their spaceship has been pawned, while BoBoiBoy returns to his residence.